С первых дней существования сотрудники Алтайской базы (ботанического сада) КФАН занимались выращиванием посадочного материала для проведения озеленительных работ и ряда сельскохозяйственных культур (картофель, морковь, свекла, лук, томаты). Территория будущего сада была сплошь покрыта камнями. Сотрудникам приходилось вручную перекапывать и раскорчевывать участки под возделывание культур. Идея вырастить сад увлекла горняков и металлургов, ее поддержали комсомольцы города, юные натуралисты. Освоение земельных участков началось с закладки питомника древесных и плодово-ягодных пород на площади полутора гектаров с целью получения посадочного материала, как для самого сада, так и для нужд населения.

Группа репродукционного питомника проводит свою работу с 1936 года. В ее составе – старший инженер, инженер и лаборант. Они осуществляют связь с производством, размножают перспективные для культуры виды, сорта травянистых и древесных растений. Только за лето 1936 г. в Алтайском ботаническом саду было выращено саженцев и сеянцев: смородины черной, красной и белой садовых сортов - 1500 штук, малины четырех садовых сортов – 2 тыс. шт., земляники крупноплодной – 800 шт., яблони сибирской – 15 тыс.шт., желтой акации – 28 тыс. шт., клен приречный – 100, лиственницы – 2 тыс. штук, сосны 40 тыс. шт., тополя из черенков четырех видов – 300 шт. Когда руководство Риддерского полиметаллического комбинат ознакомилось со столь многообещающими результатами работ сада, на его дальнейшее развитие из фондов предприятия было отпущено 12 тысяч рублей. Перед Алтайским ботаническим садом были поставлены новые большие задачи. П.А. Ермаков и его команда работал без устали, самозабвенно. Как пишет в своих записках Петр Александрович Ермаков в семилетнем отчете: «Питомники сада занимают сейчас площади более 8 гектар, где испытываются и размножаются яблоня, вишня, смородина, малина, земляника. Из лесных пород: лиственница, кедр сибирский, ель, сосна, 16 пород тополя, береза, дуб, липа, желтая акация, спирея, сирень и целый ряд других древесно-кустарниковых пород».

С 1936 года большое внимание уделяется исследования по выращиванию картофеля в условиях горно-таежного климата. После прошедшего испытания, наиболее урожайные сорта передавались в колхозы и совхозы региона, среди них  - Кореневский, Лорх, Московский Советский, Юбель, Эпикур. К 1940 году занимаемые площади под картофелем вокруг города уже составляли около 300 гектар. В последующие годы коллекция пополнялась новыми перспективными сортами картофеля: Калитинец, Эпрон, Катагдин, Меркурий. Параллельно с выращиванием сельскохозяйственных культур закладывались делянки с лекарственными, техническими, медоносными, кормовыми и другими группами полезных для региона растениями.

За первых пять лет работы (1935-1940 гг.) садом передано для озеленения населенных пунктов области более 10 тысяч саженцев растений и 100 тысяч цветочной рассады.

В годы войны ботанический сад продолжает заниматься выращиванием картофеля и овощей. П.А. Ермаков пишет, «Обстановка Великой Отечественной войны поставила остро вопрос о лекарственно-ароматических и технических растениях. Сад некоторыми из них начал заниматься в 1936-1938 гг. В результате сейчас выясняется, что в Алтайских районах можно с успехом вести промышленную культуру алтея аптечного, валерьяны, ромашки кавказской и ромашки далматской, перечной и кудрявой мяты, наперстянки красной, желтой горечавки, иссопа, лобелии одутловатой».

Одновременно сотрудниками и школьники проводят заготовку сырья для фармацевтической промышленности лекарственных растений и ягодников. Только в первый год войны, несмотря на ненастье, школьники Лениногорска под руководством П.А. Ермакова заготовили 600 кг черники.

В начале пятидесятых годов прошлого столетия Алтайский ботанический сад продолжает наращивать ассортимент аборигенных и интродуцированных растений для озеленения, декоративного и плодового садоводства. Было передано для промышленного испытания:

1. Совхозам региона семенной картофель 5 сортов, в количестве 2463 кг;

2. Для озеленения больниц и других медицинских учреждений города – 1160 саженцев – 6 видов, рассады летников – 60 видов и сортов в количестве 2500 ед.

3. Для посадки приусадебных садов шахтеров и металлургов древесно-кустарниковых пород 15570 шт. – 8 видов, яблони 1366 шт. – 6 сортов, плодово-ягодных культур 3145шт. – 7 видов.

    К этому времени площадь репродукционного питомника составила 56 гектаров. Из питомника сада ежегодно отпускалось около 20 тысяч саженцев разного географического происхождения. Для благоустройства территорий заводов, рудников и обогатительных фабрик отбирались породы, стойкие к вредным промышленным выбросам.

На протяжении многих лет репродукционный питомник возглавляла большой энтузиаст своего дела Анна Михайловна Арюткина. Под ее руководством проводились работы по введение в озеленении региона новых видов, разновидностей, форм и сортов древесных пород, цветочных и плодово-ягодных культур отобранных в результате интродукционных испытаний. Только в 1966-1970 годы питомником было реализовано по объектам Восточно-Казахстанской, Семипалатинской и Павлодарских областей 134624 штук 23 видов древесных и кустарниковых пород черенков тополя – 767100 штук, многолетних растений – 136000, однолетников – 402652, семян цветочно-декоративных растений  – 22 килограмма.

За 1976-1979 годы реализованы 24984 саженцев древесных пород, цветочных многолетников 194366 посадочных единиц, 251365 однолетников, 107656 саженцев деревьев и кустарников, 1000000 черенков тополя, 36214 саженцев плодовых и ягодных культур.  Сегодня на территории питомника заложены маточники наиболее перспективных растений для их промышленного размножения и реализации в культуру региона.

Большой вклад в становления репродукционного питомника, реализации посадочного материала и выполнению хоздоговорных работ сада в разные годы внесли: Валентина Федоровна Слонова, Надежда Васильевна Копылова, Нина Рудольфовна Вейбер, Даметкен Жанатаевна Панова, Маргарита Михайловна Головина, Марина Юрьевна Гилева, Татьяна Борисовна Евтушенко, Вера Михайловна Долгая.

Отдел вносит ощутимый вклад в области внедрения научно-практических достижений сада, созданию высоко-декоративных ландшафтных экспозиций городского озеленения, способствует привлечению дополнительных средств и инвестиций.