Интродукцией цветочно-декоративных растений в Алтайском ботаническом саду начали заниматься почти со дня его основания. В записках Петра Александровича Ермакова отмечено, что в 1935 году было заготовлено 78 видов декоративных растений для высадки на стационарный участок. В 1940 году площадь коллекционного участка цветочных растений составляла всего 0,7 га. За последующие годы она увеличивалась, и на современный период общая площадь участка, занятая под коллекцией цветочно-декоративных растений инорайонной и культурной флоры, составляет около 2 гектар. Участок расположен на правом берегу в пойме реки Быструхи на приречной неширокой полосе, ограниченной с одной стороны руслом реки, с другой – крутыми склонами горы Белкиной.

В военные годы работа с декоративными культурами почти не проводилась. По данным 1942-1944 гг. коллекция не превышала 10-20 видов и состояла в основном из дикорастущих многолетников местной флоры. В отчете 1946 года приводятся фенологические данные по 35 видам однолетних растений. Возобновилась работа в 1947-1954 гг., когда интродукцией цветочных культур занялась Вера Михайловна Румянцева. Продолжилось пополнение коллекции однолетних растений. Из многолетних садовых растений были созданы коллекции гладиолусов (50-70 сортов), георгинов (70-80 сортов), ирисов (26), пионов (10), флоксов (16) и малораспространенных многолетников – всего около 300 видов и сортов. С 1954 по 1958 гг. работа по интродукции цветочно-декоративных растений велась без выделения в отдельную тему и имела около 300 интродукционных образцов. В 1959 г. с приходом Марии Акимовны Фоломеевой (1959-1967 гг.). цветочно-декоративные растения были выделены в отдельную тему. С этого времени сотрудники отдела приступили к восстановлению и пополнению коллекции, привлекались красивоцветущие растения алтайской флоры. К 1961 году коллекция цветочно-декоративных растений насчитывала 865 видов, форм, сортов, из них 494 многолетников и 371 однолетников. М.А. Фоломеева разработала метод вегетативного размножения пионов для горной зоны Рудного Алтая, отобрала и рекомендовала для озеленения Восточного Казахстана 154 вида и сорта многолетников. Значительный вклад в развитие коллекции внесла Татьяна Николаевна Дементьева (1968-1987 гг.). Под руководством д.б.н. М.В. Бессчетновой и К.Л. Сушкова она занималась проблемами интродукции и аклиматизации цветочно-декоративных растений на Рудном Алтае, изучала биологию и способы размножения цветочных культур. При непосредственном участии Т.Н. Дементьевой коллекция ежегодно пополнялась ведущими садовыми культурами – пионами, ирисами, флоксами и другими декоративными многолетниками. Ежегодно репродукционному питомнику с коллекционного участка передавался посадочный материал для массового размножения с целью дальнейшего внедрения в практику озеленения. За эти годы предприятиям Восточно-Казахстанской области передано более 700 тысяч посадочных единиц многолетних цветочно-декоративных растений для озеленения городов и сел. В сложные годы перехода экономики от плановой к рыночной отдел цветоводства Алтайский ботанический сад переживал не лучшие времена, наблюдались трудности с финансированием, кадрами, инвентарем, химикатами. В этот период в отделе работали научные сотрудники Нина Владимировна Шкляр, Алевтина Николаевна Данилова. В разные годы в отделе цветоводства трудились лаборанты и агрономы, без участия которых не смогла бы состояться научно-исследовательская работа на коллекционном участке цветочно-декоративных растений. Разработка приемов агротехники, организация работ Надежды Петровны Тарасовой, Валентины Павловны Медведевой, Нины Афанасьевны Силиной, Веры Сергеевны Андреевой позволили сохранить и размножить растения, привезенные из ботанических садов СССР и экспедиций, их заботливыми руками были посажены растения, которые растут и поныне. В настоящее время в отделе работают старший научный сотрудник Ескендир Яковлевич Сатеков, младшие научные сотрудники Турабжанова Макпал Бахытовна, Кубентаева Балсулу Булатбековна.

Коллекционный фонд цветочно-декоративных растений инорайонной и культурной флоры насчитывает 163 вида, 922 сорта из 123 родов, 41 семейства. Наиболее полно представлены: ирис – 205 сортов, пион гибридный садовый – 188 сортов, лилейник гибридный – 119 сортов, нарцисс гибридный – 82 сорта, флокс метельчатый – 60 сортов, роза – 66 сортов, астильба – 32 сорта. Основные направления исследований, проводимые на коллекционном участке – разработка научных основ формирования и создания коллекционного фонда цветочно-декоративных растений в условиях открытого грунта горно-таежной зоны Восточного Казахстана, интродукционные испытания и адаптационные возможности растений, разработка ассортимента многолетников и научных рекомендаций по их эффективному использованию в ландшафтной архитектуре. В вегетационном сезоне на коллекционном участке регулярно проводятся экскурсии. Экспозициям участка, ежегодно посещаются  учащимися школ и колледжей, научными специалистами и гостями города, проходят профессиональную и учебно-производственную практику студенты Риддерского аграрно-технического колледжа. За прошедший период сотрудниками отдела опубликовано свыше 150 статей.