АБС является государственным ботаническим садом. В паспорте РГП на ПХВ «Алтайский ботанический сад», утвержденном приказом ГУ «Комитет лесного и охотничьего хозяйства Министерства сельского хозяйства» Республики Казахстан от 04 мая 2011 года за №137 ГБС-р-02 указано, что РГП «Алтайский ботанический сад» является особо охраняемой природной территорией  (ООПТ) и имеет категорию республиканского значения. Дорожная сеть города Риддера разделяет ботанический сад на два участка: научную и производственно-хозяйственную. В Алтайском ботаническом саду, как особо охраняемой природной территории, утверждены следующие функциональные зоны: научная – для проведения научных исследований, сохранения коллекций и генофонда растений; экспозиционная – для культивирования растений и доступа посетителей; административная и производственно-хозяйственная для научно-практического внедрения достижений сада.

Научная зона включает экспериментальные участки природной флоры, цветочно-декоративных многолетников культурной и инорайонной флоры, дендрарий, плодовый сад с коллекционными научными фондами живых растений и интродукционные питомники для размножения, культивирования и селекции растений. 

Экспозиционная зона представлена участками научной зоны, выделенными для экскурсионного обслуживания. Они находятся в экспозициях природной флоры, цветочно-декоративных многолетников культурной и инорайонной флоры, дендрарии. 

     В административную и производственно-хозяйственную зону входят репродукционный питомник с административно-лабораторным корпусом, хозяйственные постройки и дорожная сеть АБС.