Алтайский ботанический сад расположен на юго-восточной окраине г. Риддер. В настоящее время ее площадь составляет 154,2 га, в пределах абсолютных высот от 770 до 860 м. Территория имеет разнообразный рельеф от поймы реки Быструхи до скальных склонов хребта Ивановский. Климат резко континентальный. По данным Риддерской метеостанции среднегодовая температура воздуха составляет 1,8ºС, при абсолютном максимуме +41,5ºС и минимуме –46,7ºС. Безморозный период – 51-139 дней. Среднегодовое количество осадков колеблется от 432 до 937 мм с летним максимумом. Почвы сада включают несколько разновидностей и хорошо увязываются с генезисом рельефа. На пологих склонах залегают черноземовидные пылеватые суглинки, а на крутых – черноземовидные хрящеватые неразвитые суглинки. Почвы достаточно богаты азотом, но испытывают недостаток в фосфоре. В пойме реки, где расположены коллекционные участки ботанического сада, почвы аллювиально-лёссо-луговые. В восточной части сада имеется небольшой заболоченный участок.