Главным приоритетом АБС является его коллекционные фонды, специфика которых определяется эколого-климатическими условиями региона. Современный коллекционный фонд живых растений АБС представлен экспозициями травянистых многолетников природной флоры, цветочно-декоративных многолетников культурной и инорайонной отечественной и мировой флоры, дендрарием и плодово-ягодным садом. Общая площадь, занимаемая экспозициями – 37 га, из них площадь природной флоры составляет 5 га, цветочно-декоративных многолетников культурной и инорайонной флоры – 4 га, плодово-ягодный сад – 16 га и дендрарий – 12 га.

В настоящее время в АБС сосредоточен значительный генетический материал видов отечественной и мировой флоры, обладающий широким диапазоном адаптационных возможностей. Этот ценнейший генофонд собран на территории Восточного Казахстана, получен из разных областей Республики Казахстан, а также ближнего и дальнего зарубежья. Коллекционный научный фонд Алтайского ботанического сада образуют лекарственные растения, декоративные, пищевые, кормовые растения местной флоры, редкие и исчезающие растения Казахстана, цветочно-декоративные многолетники культурной и инорайонной флоры, древесно-кустарниковые породы, плодово-ягодные культивары.

Современный коллекционный научный фонд живых растений по результатам весенней инвентаризации 2014 года насчитывает 1632 вида, относящихся к 278 родам, 83 семействам. Кроме видового разнообразия в коллекциях культивируются 1210 сортов и 3556 форм и образцов.