В 2013-2015 гг. сотрудники сада приняли участие в рамках научно-технической программы:«Ботаническое разнообразие диких сородичей культурных растений Восточного Казахстана как источник обогащения и сохранения генофонда агробиоразнообразия для реализации продовольственной программы».
С 2015 по 2017 гг. сотрудники отдела Природной флоры выполняли грантовые проекты Комитета Науки МОН РК: "ИЗУЧЕНИЕ ЛЕКАРСТВЕННЫХ РАСТЕНИЙ КАЗАХСТАНСКОГО АЛТАЯ, ПРИМЕНЯЕМЫХ В ОФИЦИАЛЬНОЙ И НАРОДНОЙ МЕДИЦИНЕ, ОЦЕНКА ИХ РАСПРОСТРАНЕНИЯ, СЫРЬЕВЫХ ЗАПАСОВ И ВОЗМОЖНОСТИ ПРАКТИЧЕСКОГО ПРИМЕНЕНИЯ на 2015-2017 гг", "ОЦЕНКА СОСТОЯНИЯ ЦЕНОПОПУЛЯЦИЙ МАЛОИЗУЧЕННЫХ РЕДКИХ ВИДОВ РАСТЕНИЙ ДЛЯ РЕШЕНИЯ ПРОБЛЕМЫ СОХРАНЕНИЯ БИОРАЗНООБРАЗИЯ КАЗАХСТАНСКОГО АЛТАЯ на 2015-2017 гг."
С 2017-2020 гг. Коллективом Алтайского Ботанического Сада был успешно реализован проект Коммерциализации Фонда Науки: №0074-17-ГК «Плантационное выращивание редких и исчезающих видов лекарственных растений для нужд фармацевтической промышленности». В результате которого плантационным и тепличным способом выращивались редкие краснокнижные виды лекарственных растений: Родиола розовая (золотой корень) и левзея сафлоровидная (маралий корень). Разработаны уникальные технологии и получены два патента на полезную модель.
В период с 2018 по 2020 гг. отделом природной флоры выполнялись проекты Комитета Науки МОН РК: Изучение флоры гор Коктау как потенциального объекта сохранения биологического разнообразия Калбинского нагорья"; Изучение распространения и современного состояния популяций видов семейства Орхидных Казахстанского Алтая и их первичная интродукция в Алтайском ботаническом саду.
Сотрудники Ботанического сада возглавили научно-техническую программу Комитета Науки МОН РК: "BR05236444-Испытание инновационных технологий при развитии садоводства в аридных районах Казахстана на 2018-2020 гг."
